Changes from the flat namespace to heirarchical one.  Instead of writing:
	#include "svf.h"
the following form should be used.
	#include <svf/svf.h>
The exception is from .c files in the same directory.
 #include <helper/ioutil.h>
 #include <helper/configuration.h>
 #include "xsvf.h"
-#include "svf.h"
+#include <svf/svf.h>
 #include <flash/nand.h>
 #include <pld/pld.h>
 
 
 #include <helper/ioutil.h>
 #include <helper/configuration.h>
 #include "xsvf.h"
-#include "svf.h"
+#include <svf/svf.h>
 #include <flash/nand.h>
 #include <pld/pld.h>
 #include <flash/mflash.h>
 
 
 #include "xsvf.h"
 #include <jtag/jtag.h>
-#include "svf.h"
+#include <svf/svf.h>
 
 
 /* XSVF commands, from appendix B of xapp503.pdf  */